VScore: uma plataforma para desenvolvimento de novos fármacos usando screening virtual
Conference Paper
Overview
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abstract
O screening virtual de grandes bibliotecas de compostos químicos, utilizando
metodologias computacionais como o molecular docking, é cada vez mais utilizado na
procura de potenciais inibidores de proteínas-alvo envolvidas em diferentes patologias.
No entanto, devido ao facto destas bibliotecas poderem atingir um número de
compostos químicos que podem ir das dezenas às centenas de milhar, é muitas vezes
necessária a utilização de clusters de computadores de Alto Desempenho
Computacional (HPC – High Througoutput Computing), bem como de ferramentas de
criação, gestão e acesso de bibliotecas de compostos químicos (2).
Neste contexto, desenvolvemos o VScore (Virtual Screening core), uma plataforma
computacional que permite a gestão de grandes projetos de Screening Virtual. O
VScore utiliza o AutoDock4 e/ou o AutoDock Vina (1) como ferramentas de docking e
inclui várias ferramentas avançadas de criação e gestão de bilbiotecas de compostos
químicos. Entre as principais características avançadas estão incluidas a
automatização e paralelização de todos os ensaios de docking, bem com a
automatização da análise e visualização de resultados e a possiblidade de gerir
facilmente grandes bibliotecas de compostos e estruturas 3D de proteínas.
O VScore será disponibilizado livremente para a comunidade académica, estando a
ser estudado um modelo para desenvolvimento futuro acente num regime de
donativos de futuros utilizadores.
